روحانیت ایران که پـس از وقایع نهـضـت مشروطیت در تنگناى هجـوم بى وقـفـه دولتهـاى وقت و عـمال انگلیسى از یکـسو و دشمـنیهاى غرب باختگان روشنفـکر مـآب از سـوى دیگر قـرار داشت براى دفاع از اسـلام و حـفـظ موجـودیت خـویـش بـه تکاپـو افـتاد. آیه الـلـه العظمى حاج شیخ عـبدالـکریـم حایرى بـه دعـوت علماى وقت قـم از اراک به ایـن شهـر هجرت کرد واندکـى پـس از آن امـام خـمیـنى که با بـهـره گیرى از استعداد فـوق العاده خـویـش دروس مقـدماتى و سطـوح حـوزه علمیه را در خـمیـن و ارا ک با سـرعـت طى کرده بود به قـم هجرت کـرد و عملا در تـحکیـم موقعیت حـوزه نـو تاسیـس قـم مـشارکـتى فعال داشت.
زمان چندانـى نگذشت که آن حضرت در اعداد فضلاى برجـسته این حـوزه در عرفـان و فلسفه و فقه و اصـول شنـاخته شـد.
پـس از رحلت آیـه اللـه العظمى حایرى ( 10 بهمـن 1315 ه-ش ) حـوزه علمیه قـم را خطر انحلال تهـدید مى کرد. عـلماى مـتـعهـد به چاره جویى برخاستند. مدت هشت سال سرپرستى حـوزه علمـیـه قـم را آیات عـظـام :
سید محمد حجت, سید صدر الدیـن صدر و سیـد محـمـد تقـى خـوانسارى -رضوان الـلـه علیهـم ـ بر عهده گرفتند. در ایـن فاصله و بـخصـوص پـس از سقوط رضاخان, شرایط براى تحقق مرجعیت عظمى فراهـم گردید. آیه الله العظمى بروجردى شخصیت علمى برجسته اى بـود کـه مـى تـوانست جانشین مناسبـى براى مـرحوم حایرى و حفـظ کیان حـوزه بـاشـد. ایـن پیشنهاد از سـوى شاگردان آیـه الـلـه حایرى و از جمله امام خـمـیـنـى به سرعت تعقیب شـد. شخص امام در دعـوت از آیـه الـلـه بـروجردى براى هجرت به قـم و پذیرش مسئولیت خطـیر زعامت حـوزه مجدانه تلاش کرد.
امام خمینـى که با دقـت شـرایط سیاسـى جامعه و وضعـیـت حـوزه ها را زیر نظر داشت و اطـلاعات خـویش را از طریق مطالـعه مـستمر کتب تاریخ معاصـر و مجلات و روزنـامـه هاى وقـت و رفـت و آمـد بـه تهـران و درک محضر بزرگانى همچون آیـه الـلـه مـدرس تکـمیل مى کرد دریافـته بـود که تـنها نقـطـه امـیـد بـه رهـایـى و نجات از شـرایط ذلت بارى که پـس از شکست مشروطیت و بخصـوص پـس از روى کار آوردن رضا خان پدید آمده است, بیدارى حوزه هاى عـلمـیـه و پیش از آن تضـمیـن حیات حوزه ها و ارتبـاط معنـوى مـردم بـا روحـانیت مـى بـاشـد.
امام خمینى در تعقیب هدفهاى ارزشمند خویش در سال 1328 طرح اصلاح اساس ساختار حـوزه علمیه را با هـمـکارى آیـه الـلـه مـرتضـى حایـرى تهـیـه کرد و بـه
آیه الله بروجردى پـیشـنهاد داد. ایـن طرح از سوى شاگردان امام و طلاب روشـن ضمیر حـوزه مـورد اسـتقبال و حمایت قرار گرفت .