کاربرد، بویژه نا برنامه ساز، در محیطی کاملا منطقی عمل می‌کند و دید خاصی از سیستم فایل دارد که گاه به آن سیستم فایل مجازی می‌گویند اما صرفنظر از این لایه مجازی سیستم فایل ، هر سیستم فایل را می‌توان به دو لایه اصلی منطقی و فیزیکی تقسیم کرد .

در این معماری ، اجزاء اصلی به شرح زیر :

------درایور: در پایین ترین سطح معماری قرار دارد و مستقیما با کنترولر یا کانال در تماس است

------سیستم فایل فیزیکی ( مبنایی) : این لایه مسئول ذخیره سازی بالکها روی رسانه خارجی و انتقال آنها زا رسانه به بافر و برعکس است . این لایه معمولا با محتوای بلاکها و یا ساختار فایل کاری ندارد و در بعضی سیستمها ، این لایه ، بخش یا از خود سیستم عامل است .

------سیستم فایل منطقی : این لایه واسط بین سیستم فایل فیزیکی و لایه‌ای به نام شیوه دستیابی است . این لایه به کاربران امکان می‌دهد تا به رکوردهای دستیابی داشته باشند . این لایه محیط فیزیکی ذخیره سازی را به صورت یک محیط منطقی می‌بیند و بنابراین با مفهوم بالک در محیط فیزیکی کار ذخیره سازی را به صورت یک محیط منطقی می‌بیند و بنابراین با مفهوم بلاک در محیط فیزیکی کار نمی‌کند برنامه کاربر معمولا از طریق یک شیوه دستیابی با این لایه در تماس است و این لایه درخواستهای کاربر را انجام میدهد

------شیوه دستیابی : بالاترین لایه سیستم فایل و واسط بین برنامه کاربردی (که معمولا به یک زبان سطح بالا نوشته می‌شود) و سیستم فایل منطق است . این لایه یک روش مشخص برای دستیابی به رکوردها در اختیار برنامه کاربردی قرار می‌دهد.

------سیستم فایل مجازی : این لایه را می‌توان هم سطح با لایه شیوه دستیابی قرار داد (اما گاه ممکن است لایه شیوه دستیابی ، تحت این لایه مجازی عمل کند. به این معنا که کاربر برنامه ساز(معمولاً برنامه ساز سیستمی) شیوه دستیابی مورد نظر خود را طراحی و تولید کند و این واحد نرم افزاری را به واحد سیستم فایل مجازی پیوند بزند و بدنی ترتیب ساختار فایل مورد نظر خود را ایجاد و داده‌ها را در چارچوب همان ساختار پردازش کند.)

در سیستمهای عامل جدید ، کاربران (بویژه نابرنامه سازان)عمدتا از طریق همین لایه سیستم فایل مجازی با سیستم فایل کار می‌کنند. سیستم فایل مجازی فایل را دنباله‌ای از کاراکترها می‌بیند و ساختار درونی اخصی برای آن قائل نیست . کاربر نابرنامه ساز مجموعه‌ای از فرامین خاص در اختیار دارد و به کمک آنها در خواستهایش را انجام می‌دهد.