امام باقر علیه السلام هفت فرزند داشت:
1-
حضرت امام جعفر صادق علیه السلام که کنیه حضرت باقر علیه السلام هم به همین دلیل ابوجعفر بود.
2- عبدالله
مادر این دو ، "ام فروه" ، دختر
قاسم بن محمد بن ابی بکر، بود.
مادر ام فروه، اسماء، دختر
عبدالرحمن بن ابوبکر ، بود. پس قاسم و اسماء هر دو نوه
ابوبکر و با یکدیگر پسرعمو و دختر عمو بوده اند. بنابراین ام فروه هم از طرف پدر و هم از طرف مادر، نتیجه‌ی ابوبکر بود. لذا امام صادق علیه اسلام فرمود:« من از طرف مادرم، ام فروه، از دو طریق به ابوبکر می‌رسم. »
3-ابراهیم
4- عبیدالله
این دو در زمان حیات امام باقر علیه السلام وفات کردند. مادرشان، ام حکیم، دختر سید بن مغیره ثقفیه بود.
5- علی
6- زینب
7- ام سلمه
که مادرشان کنیز بود.
امام باقر علیه السلام زنی داشت به نام «ام علی» که به
خوارج گرایش داشت و از
امیرالمؤمنین علی علیه السلام بیزاری می‌جست.
امام در روایتی فرموده است:« من یک شب تا صبح با او صحبت کردم و دلیل آوردم تا از عقیده اش برگردد و دوستدار امیرالمؤمنین شود. اما او قبول نکرد. صبح که شد، طلاقش دادم.»
منابع:
بحار الانوار، ج 46، ص 365، ح 1.
نور ملکوت، ج 4، ص 364.
بحار الانوار، ج 46، ص 327.
