شناسایی ماده از اولین مسائلی بود که بشر با آن سر و کار داشته است. اینکه یک ماده تا چه حدی خاصیت خود را حفظ می‌نماید یا اینکه تا چه حدی قابل تقسیم می‌باشد، سؤالی است که فلاسفه نیز در مورد آن نظریه‌پردازی کرده‌اند. فهم مطالب اعمال شیمیایی متکی بر نظریة اتمی ماده است و این نظریه که متشکل از مجموعه‌ای عقاید علمی است حقیقتاً قابل تحسین می‌باشد، زیرا، همین نظریه است که قسمتی از دنیای غیر قابل رؤیت و غیر قابل تصور فیزیک را تشریح و مشخص می‌نماید.

نظریه اتمی بنیان ساختار شیمی جدید است و ادراک ساختار اتمی و چگونگی برخورد اتمها محور دریافت شیمی است.

نظریه اتمی دانشمندان یونانی (400 سال قبل از میلاد مسیح) تضاد بسیار با نظریه اتمی جدید دارد. اتمی که یونانیها در نظر می‌گرفتند، نتیجة یک بحث عقلانی بود.

از یک طرف مشاهده می‌کردند که در طبیعت همه چیز تغییر پذیر است و از طرف دیگر قطعیت مطلقی داشتند که باید در موجودات چیز ثابت و دائمی وجود داشته باشد. یونانیها دریافتند که اگر تصور کنند اتم غیر قابل تقسیم، تشکیل دهندة غیر قابل تغییر دنیاست، این بن بست فیلسوفانه برطرف خواهد شد.

نظریه اتمی لوسیپوس و دموکریتوس مدعی آن است که تقسیم پی در پی ماده در نهایت به اتمهایی می‌رسد که امکان تقسیم بیشتر ندارند. واژة ‹‹ اتم›› از واژة یونانی " " به معنی ‹‹تقسیم ناپذیر›› گرفته شده است. استدلال او در مورد غیر قابل تجزیه بودن اتم آن بود که اتمها کوچکترین ذرات سازندة ماده هستند. اضافه بر این: او چنین پنداشت که اتمهای مواد مختلف، شکلهای متفاوت دارند. مانند اتمهای هوا، سنگ، آهن و آب ! او گفت که اتمهای ماده جامد زبر بوده و روی هم نمی‌لغزند. در صورتیکه اتمهای مایع صاف بوده و روی هم می‌غلطند.

فلاسفه اسلام از جمله ملاصدرا، کم و بیش تئوری ذره‌ای دموکریتوس را تکمیل کرده و آن را در توجیه برخی خواص و یا در تمثیلها به کار بردند.

ارسطو (قرن چهارم ق . م) نظریه اتمی را نپذیرفت. او باور داشت که به طور فرضی، ماده بی‌پایان به ذرات کوچکتر و کوچکتر تقسیم می‌شود.

نظریه‌های یونانیان باستان نه بر عمل و آزمایش طراحی شده، بلکه بر اندیشه مجرد استوار بود و تقریباً 2 هزار سال به صورت اندیشه محض باقی ماند.

حالیا آشکار است که اعمال فیزیکی از قبیل مخلوط، تبخیر، انحلال و انجماد و غیره را می‌توان به سهولت با در نظر گرفتن تصویر اتمی ساده‌ای توجیه نمود. حتی بدون بسط زیاد درباره ساختمان اتمی تنها با در نظر گرفتن شکل ساده‌ای از اتم، قسمت اعظم خواص ماده را می‌توان به راحتی تفسیر کرد.

سرانجام نتیجة کارهای دالتون، گیلوساک،آووگادرو، در آغاز قرن گذشته مبدائی قابل فهم جهت نظریه اتمی شد. در طی قرون و اعصار دانشمندان متعدد دیگری از جمله فلاسفه یونانی و کیمیاگران و بالاخره دانشمندان معروفی چون بویل و نیوتن، طبیعت ماده را مورد مطالعه قرار داده و نتیجة تفکرات عقلانی و مطالعات نظری خود را در این جمله خلاصه نمودند که ماده از ذرات مشخصی تشکیل گردیده است.

رابرت بویل در کتاب خود به نام شیمیدان شکاک (1661) و ایزاک نیوتن در کتابهای خود به نام اصول (1687) و نور شناخت (1704) وجود اتمها را پذیرفتند.

به هر حال عقیده بر آن است که دالتون را پدر نظریة اتمی بشناسیم.