در ایامی که سیستم حسابداری طراحی شده اجرا می شود ، همواره مشکلاتی پدید می آید که یا ناشی از افزایش رویدادهای مالی و یا ناشی از نیازهای جدید اطلاعاتی مسئولان موسسه می باشد و سیستم قادر به تامین آنها نیست و بنابراین لازم است که تمام سیستم های حسابداری طراحی شده دارای یک دستورالعمل کامل نگهداری باشند تا بتوان سیستم حسابداری را همواره به روز و فعال نگه داشت و از بازده آن مطمئن شد .

نگهداری سیستم حسابداری شاید وقت گیرترین مرحله طراحی سیستمهای حسابداری است و بایستی توجه کامل به آن مبذول نمود . دستورالعمل نگهداری سیستم حسابداری معمولا از بخشهای عمده زیر تشکیل شده است :

نگهداری اضطراری : در این دستورالعمل مشکلات و اشتباهاتی که به صورت اتفاقی رخ می دهد و بایستی فورا اصلاح شود توضیح داده می شود .

نگهداری عادی : در دستوالعمل نگهداری عادی سیستم ، اقداماتی که به صورت تکراری برای حفظ و تداوم عملیات سیستم حسابداری صورت می گیرد ، ذکر می شود . مانند آموزش کارکنان حسابداری یا قسمت رایانه .

رشد و اصلاح سیستم : در این دستورالعمل تغییرات لازم در سیستم حسابداری که ناشی از تغییرات در سازمان موسسه و فعالیتهای آن می باشد ، در نظر گرفته می شود . مانند افزایش دوایر و شعب .