معاویه در دوران حکومتش، میراث نبوت رسول الله را به حکومت و خلافت تبدیل کرد و تمام مقدسات را به دیده تمسخر نگریست. او بر طبق رویه پادشاهان، پسرش یزید را به خلافت نشاند و برای او از مردم بیعت گرفت و اسلامی را که با جهاد رسول الله و افرادی همانند حمزه و جعفر بن ابیطالب و علی بن ابیطالب پا گرفته بود، رو به نابودی کشاند. آیین و سنت احمدی را برانداخت و طبق گفتار خودش، روزه و نماز و حج و زکات را برای مردم دانست و سیاست امپراطوری و کسراگونه را بر عرب و عموم مسلمین جاری ساخت؛ حتی کار را به جایی رساند که مردم نه تنها شرف و فضل حضرت علی علیه السلام را نمی‌شناختند و سوابق او را در اسلام نمی‌دانستند، بلکه او را مردی متجاوز و متعدی تلقی می‌کردند.

به این ترتیب، حقیقت نبوت که در ولایت و امامت متجلی بود، دستخوش فراموشی شد و از اسلام و قرآن جز اسمی باقی نماند. دراین مقطع، اسلام و آیین محمدی نیاز مبرم به دو جنبش داشت:

1- جنبش عملی: که توسط امام حسین علیه السلام صورت گرفت و دستگاه سلطنت را مثل صاعقه تکان داد و همچون کوه آتشفشان جوشید. فریاد امام حسین به گونه‌ای بود که هر مرده‌ای را زنده و هر خوابی را بیدار کرد و عملا" نشان داد که آیین محمدی تبدیل به حکومت طاغوتی شده و دنیای اسلام به نام اسلام در آتش بیداد ستمگران ضد اسلام که سنت‌های جاهلی را به جای سنت‌های محمدی نشانده‌اند می‌سوزد و پرنده‌ی بلندپرواز صدق و امانت و ایثار و ولایت و محبت در دست صیاد خون آشام گرفتار است.

2- جنبش علمی: این جنبش توسط حضرت صادق علیه السلام صورت گرفت. پس از قیام مسلمین علیه حکومت بنی‌امیه و قیام ابومسلم خراسانی، فرصت خلافت و ریاست برای حضرت صادق علیه السلام از همه فراهم‌تر بود؛ ولی امام به این موقعیت اعتنایی نکرد، زیرا به خوبی می‌دانست که اگر حکومت را در دست گیرد، باید تمام وقتش را صرف اصلاحات و عزل والیان ستمکار و نصب والیان عادل و تنظیم دیوان قضایی و سرکوبی مخالفان کند و دیگر مجال پرداختن به بیان آیین رسول خدا و فقه و تفسیر حدیث و تبدیل سنت‌های جاهلی به سنت‌های محمدی و ارائه ولایت و اظهار اسلام راستین را ندارد.

به همین دلیل با کوششی خستگی‌ناپذیر و شبانه‌روزی در مدت سی سال آیین اسلام و روح پیامبر و ولایت علی را زنده کرد و مکتب جعفری را پایه نهاد. اگر چه تمام امامان علیهمالسلام پاسدار همین مکتب و آیین بودند، ولی موقعیت علمی او، به‌خصوص در آن موقعی که علما و حکما و فیلسوفان همه‌ی مذاهب و ادیان آزادانه به نشر آثار خود می‌پرداختند، این قرعه به نام امام صادق علیه السلام افتاد. امام با تشکیل مدرس علمی در مدینه و عراق و تربیت چندین هزار شاگرد و محدّث و مفسّر و خطیب و حکیم، آنچه را که باید می‌آموخت، آموخت و از آنچه باید پرده برمی‌داشت، پرده برداشت؛ به طوری که دشمن و دوست و مخالف و موافق به سرشار بودن علم و کمال، تقوی، تعالی فکر، قدرت نظر، همّت عالی و مکتب والای او اقرار می‌کردند.

معاویه در دوران حکومتش براساس پیروی ازسنت عمر، نبوت رسول الله را به حکومت و امارت تبدیل کرد و تمام مقدسات را به دیده تمسخر نگریست و بعد از آن طبق رویه پادشاهان، یزید را به امارت نشاند و برای او از مردم بیعت گرفت و اسلامی راکه با جهاد رسول الله و افرادی همانند حمزه و جعفر و علی بن ابی طالب بر پا ایستاده بود، مضمحل کرد

و بکلی آیین محمدی و سنت احمدی را برانداخت و طبق گفتار خودش، روزه و نماز و حج و زکات را برای مردم دانست و سیاست امپراطوری و کسرائی را بر عرب و عموم مسلمین جاری ساخت و حتی کار را به جائی رساند که نه تنها مردم شرف و فضل حضرت علی علیه السلام را نمی شناختند و سوابق او را در اسلام نمی دانستند بلکه او را یک مرد متجاوز و متعدی تلقی کرده و به دیده منکر بر او می نگریستند.

حقیقت نبوت که در ولایت متجلی بود، دستخوش نسیان شد و از اسلام جز اسمی و از قرآن جز رسمی و درسی باقی نماند، دراین مقطع، اسلام و آیین محمدی نیاز مبرم به دو تکان داشت.

1- تکان عملی: تکان عملی توسط حضرت سید الشهداء، حسین بن علی علیه السلام صورت گرفت، و چون صاعقه دستگاه سلطنت جابره را تکان داد و همچون کوه آتشفشان جوشید و فریاد و ندای حضرت بگونه ای بود که هر مرده را زنده و هر خوابی را بیدار کرد و عملا" نشان داد که آیین و رسم محمدی تبدیل به حکومت طاغوتی شده و دنیای اسلام به نام اسلام در آتش بیداد ستمگران ضد اسلام و معاند با اسلام که سنتهای جاهلی را به جای سنت های محمدی نشانده اند می سوزد و طائر بلند پرواز صدق و امانت و ایثار و ولایت و محبت در دست صیاد خون آشام گرفتار است.

2- تکان علمی: تکان علمی توسط حضرت صادق علیه السلام صورت گرفت. پس از قیام مسلمین بر علیه حکومت بنی امیه و قیام ابومسلم خراسانی شرائط امارت و ریاست برای حضرت صادق علیه السلام از همه فراهم تر و مقتضیات و شرائط و معلاتش از همه بیشتر بود ولی حضرت دراین صراط قدمی ننهاد، زیرا به خوبی می دانست که اگر حکومت را در دست گیرد باید تمام وقتش مصروف به اصلاحات عملی و مباشرت در تنظیم بند و شهرها و تغییر و تبدیل رؤسای جور به رؤسای عدل و تنظیم دیوان و قضاء و سایر امور از جنگ و سرکوبی مخالفان گردد و دیگر مجال مکتب علمی و بیان آیین رسول خدا و فقه و تفسیر حدیث و تبدیل سنتهای جاهلی به سنت های محمدی و کشف حقیقت امر برای مردم و ارائه ولایت و باطن نبوت و اظهار اسلام راستین را ندارد و این مکتب علمی نیاز به دقت طولانی و جهادی بزرگ دارد.

بر این اساس با مجاهده نفس و کوشش خستگی ناپذیر درشب و روز در مدت سی سال از پا ننشست و آیین اسلام را به خوبی نشان داد و روح پیامبر و ولایت علی را زنده کرد، بدین جهت است که مکتب جعفری مرسوم شد.

اگر چه تمام امامان علیهمالسلام پاسدار همین آیین بودند ولی موقعیت علمی، بالاخص درآن موقعی که علماء و فضلا از ادیان و مذاهب و حکماء و متکلمان و فیلسوفان از هر مذهب و دینی بر نشر آثار خود آزادانه اهتمام داشتند، این قرعه الهیه به نام نامی آن حضرت زده شده و با تشکیل مدرس علمی در مدینه و عراق و تربیت و بحث و استدلال و برهان با چندین هزار نفر شاگرد و محدّث و مفسّر وخطیب و حکیم، حضرت بیان کرد آنچه را باید بیان کند و پرده برداشت از آنچه باید پرده بردارد.

به طوری که دشمن و دوست و مخالف و موافق به سرشار بودن علم و کمال، تقوی و اعراض از زینت های دنیا و علو فکر و قدرت رأی و همّت عالی و مکتب والای آن حضرت اقرار و اعتراف نمودند.