نام امام نهم علیه السلام محمد است و نام پدرش علی است و کنیه اش ابو جعفر است چون نام امام باقر علیه السلام (امام پنجم) نیز محمد است و نام پدرش علی است و کنیه اش ابو جعفر است بدین جهت به امام نهم علیه السلام ابو جعفر ثانی (ابو جعفر دوم) می گویند.
برخی از القاب امام نهم عبارتند از: مختار، مرتضی، متوکل، متقی، زکی،
تقی، منتخب، جواد، عالم ربانی.
منابع: مناقب، ج 4، ص 379.