امام باقر علیه السلام هفت فرزند داشتند:
1-
حضرت امام جعفر صادق علیه السلام )که کنیه حضرت باقر (علیه السلام) هم به ابوجعفر به همین علت است.
2- عبدالله
مادر این دو پسر، خانمی است بنام "ام فروه" که او دختر
قاسم بن محمد بن ابی بکر است.
مادر ام فروه زنی است بنام اسماء که او دختر
عبدالرحمن بن ابو بکر است. پس قاسم و اسماء هر دو نوه ابوبکر و با یکدیگر پسرعمو و دختر عمو بوده اند. بنابراین ام فروه هم از طرف پدر و هم از طرف مادر نتیجه
ابوبکر است و لذا امام صادق (علیه اسلام) فرمودند: « من از طریق مادرم ام فروه از دو طریق به ابوبکر میرسم. »
3-ابراهیم
4- عبیدالله که این دو پسر در زمان حیات امام باقر (علیه السلام) وفات کردند. مادر این دو پسر ام حکیم دختر سید بن مغیره ثقفیه است.
5- علی
6- زینب
7- ام سلمه
که مادر آنها کنیز بوده است.
امام باقر (علیه السلام) زنی داشتند به نام «ام علی» که بعد از ازدواج با او می بینند که متمایل به
خوارج است و از
امیرالمؤمنین «علیه السلام) بیزاری میجوید.
حضرت فرمودند: « من یکشب تا به صبح با او صحبت کردم و دلیل آوردم تا از عقیده اش برگردد و دوستدار امیرالمؤمنین شود. اما او قبول نکرد و صبح که شد، او را طلاق دادم.
منابع: بحار الانوار، ج 46، ص 365، ح 1.
منابع: نور ملکوت، ج 4، ص 364.
منابع: بحار الانوار، ج 46، ص 327.