هر انقلابی دارای آفات و آسیبهایی می باشد که در دراز مدت منجر به تغییر ماهوی می گردد شناخت این آسیبها و برخورد با آنها زمینه ساز ادامه حرکت انقلابی می باشد، امام خمینی به عنوان یک رهبر انقلابی آسیبهای انقلاب را به توجه به ماهیت انقلاب چنین معرفی می نماید:
وجود روحانیت متحجر و مقدسنما و روحانینمایان
لغزش از اسلام
اعمال خلاف، به معرفی کردن اسلام است
نفوذ افراد غیر صالح در مراکز قدرت و انجمنها و حمایت مسئولان از آنها
اعمال خلاف به اسم اسلام!
سستی در پیاده کردن احکام و مقررات اسلام
خودرأیی و خارج از مقررات و قانون عمل کردن
اختلاف و تضعیف دستگاهها و قوای دیگر کشور
خروج از سادهزیستی و گرایش به اشرافیگری
بیصبری در برابر کمبودها
ایجاد اختلاف و تشتت در دانشگاهها
مخالفت با اسلام ناب تحت عنوان آزادی و دمکراسی
گسترش فرهنگ غرب و غربزدگی
اختلاف بین شیعه و سنی
یک بعدی نگریستن به اسلام
عدول از حمایت از محرومین و پابرهنهها
انحراف از ارزشهای اسلامی و اخلاقی
اختلاف و تفرقه
بیتفاوتی سیاسی
خودباختگی
تحریف آرمانها و ارزشها
جریان نفاق
راحت طلبی
رفاه طلبی و تجملگرایی
زراندوزی و تکاثر طلبی
ذلت پذیری
تحجر و مقدسآبادی
التقاط