معاویه در دوران حکومتش براساس پیروی ازسنت عمر، نبوت رسول الله را به حکومت و امارت تبدیل کرد و تمام مقدسات را به دیده تمسخر نگریست و بعد از آن طبق رویه پادشاهان، یزید را به امارت نشاند و برای او از مردم بیعت گرفت و اسلامی راکه با جهاد رسول الله و افرادی همانند
حمزه و
جعفر و علی بن ابی طالب بر پا ایستاده بود، مضمحل کرد
و بکلی آیین محمدی و سنت احمدی را برانداخت و طبق گفتار خودش، روزه و نماز و حج و زکات را برای مردم دانست و سیاست امپراطوری و کسرائی را بر عرب و عموم مسلمین جاری ساخت و حتی کار را به جائی رساند که نه تنها مردم شرف و فضل حضرت علی علیه السلام را نمی شناختند و سوابق او را در اسلام نمی دانستند بلکه او را یک مرد متجاوز و متعدی تلقی کرده و به دیده منکر بر او می نگریستند.
حقیقت نبوت که در ولایت متجلی بود، دستخوش نسیان شد و از اسلام جز اسمی و از قرآن جز رسمی و درسی باقی نماند، دراین مقطع، اسلام و آیین محمدی نیاز مبرم به دو تکان داشت.
1- تکان عملی: تکان عملی توسط حضرت سید الشهداء، حسین بن علی علیه السلام صورت گرفت، و چون صاعقه دستگاه سلطنت جابره را تکان داد و همچون کوه آتشفشان جوشید و فریاد و ندای حضرت بگونه ای بود که هر مرده را زنده و هر خوابی را بیدار کرد و عملا" نشان داد که آیین و رسم محمدی تبدیل به حکومت طاغوتی شده و دنیای اسلام به نام اسلام در آتش بیداد ستمگران ضد اسلام و معاند با اسلام که سنتهای جاهلی را به جای سنت های محمدی نشانده اند می سوزد و طائر بلند پرواز صدق و امانت و ایثار و ولایت و محبت در دست صیاد خون آشام گرفتار است.
2- تکان علمی: تکان علمی توسط حضرت صادق علیه السلام صورت گرفت. پس از قیام مسلمین بر علیه حکومت بنی امیه و قیام
ابومسلم خراسانی شرائط امارت و ریاست برای حضرت صادق علیه السلام از همه فراهم تر و مقتضیات و شرائط و معلاتش از همه بیشتر بود ولی حضرت دراین صراط قدمی ننهاد، زیرا به خوبی می دانست که اگر حکومت را در دست گیرد باید تمام وقتش مصروف به اصلاحات عملی و مباشرت در تنظیم بند و شهرها و تغییر و تبدیل رؤسای جور به رؤسای عدل و تنظیم دیوان و قضاء و سایر امور از جنگ و سرکوبی مخالفان گردد و دیگر مجال مکتب علمی و بیان آیین رسول خدا و فقه و تفسیر حدیث و تبدیل سنتهای جاهلی به سنت های محمدی و کشف حقیقت امر برای مردم و ارائه ولایت و باطن نبوت و اظهار اسلام راستین را ندارد و این مکتب علمی نیاز به دقت طولانی و جهادی بزرگ دارد.
بر این اساس با مجاهده نفس و کوشش خستگی ناپذیر درشب و روز در مدت سی سال از پا ننشست و آیین اسلام را به خوبی نشان داد و روح پیامبر و ولایت علی را زنده کرد، بدین جهت است که مکتب جعفری مرسوم شد.
اگر چه تمام امامان علیهمالسلام پاسدار همین آیین بودند ولی موقعیت علمی، بالاخص درآن موقعی که علماء و فضلا از ادیان و مذاهب و حکماء و متکلمان و فیلسوفان از هر مذهب و دینی بر نشر آثار خود آزادانه اهتمام داشتند، این قرعه الهیه به نام نامی آن حضرت زده شده و با تشکیل مدرس علمی در مدینه و عراق و تربیت و بحث و استدلال و برهان با چندین هزار نفر شاگرد و محدّث و مفسّر وخطیب و حکیم، حضرت بیان کرد آنچه را باید بیان کند و پرده برداشت از آنچه باید پرده بردارد.
به طوری که دشمن و دوست و مخالف و موافق به سرشار بودن علم و کمال، تقوی و اعراض از زینت های دنیا و علو فکر و قدرت رأی و همّت عالی و مکتب والای آن حضرت اقرار و اعتراف نمودند.