پدرش خلیفه اول،
ابوبکر بن ابی قحافه و مادرش
اسماء بنت عمیس خثمعیه بود که بعد از فوت ابوبکر، با امیرالمؤمنین علیه السلام ازدواج کرد. در روز 25 ذیقعده سال حجه الوداع (دهم هجری) در محلی به نام
ذوالحلیفه میان راه
مکه و
مدینه متولد شد.
پس از مرگ ابوبکر، علی علیه السلام او را تربیت کرد. در
جنگ جمل و صفین همراه امیرالمؤمنین علیه السلام بود و در
ماه رمضان سال 37 هجری پس از شهادت
مالک اشتر، از طرف امیرالمؤمنین به حکومت
مصر منصوب شد. در زمان حکومتش بر مصر، معاویه سپاهی به فرماندهی
عمرو عاص به جنگ او فرستاد. محمد بن ابوبکر شکست خورده، دستگیر شد و در
ماه صفر سال 38 هجری به قتل رسید.
جسد او را در پوست الاغی مرده گذاشته سوزاندند. قاتل او معاویه بن خدیج سکرین بود. البته روایت دیگری نیز هست که وی را عمرو عاص با شکنجه به قتل رساند. محمد بن ابوبکر از اصحاب و شیعیان
امیرالمؤمنین علیه السلام و مردی پارسا و عالم بود. از او فرزند باتقوایی به نام ابوالقاسم به یادگار ماند.
