فرمانروایى مرشد قلى خان استاجلو / شاه در سایه
«996 - 997 ق / 1588 - 1589 م»
پس از آن که مرشد قلى خان با همکارى شاه عباس، ارکان دولت شاه مخلوع را از میان برداشت، بىرقیب و مدعى نیابت سلطنت و فرمانرواى مطلق شد و با لقب وکیل السلطنه به اداره امور سلطنتى و کشورى پرداخت. در آغاز کار چندى با شاه عباس در دولتخانه به سر مىبرد، پس از آن در خانه عمه مقتول شاه، پرى خان خانم، دختر شاه طهماسب، منزل کرد. وزیران و رجال و سران لشکرى و کشورى تنها از او دستور مىگرفتند و تمام کارهاى خود را با موافقت و صوابدید وى انجام مىدادند. خان استاجلو، همه احکام و فرمانهاى سلطنتى را بى اجازه شاه صادر مىکرد و به مهرهاى سلطنتى، که بر گردن آویخته بود، مىرسانید. در اندک زمانى، منصبها و مقامات مهم دربارى و دیوانى، مانند ریاست قورچیان و مهر دارى و حکومت ولایات ایران را، میان دوستان و بستگان خود و سرداران و امیرانى که به فرمان او گردن نهاده بودند، تقسیم کرد؛ حتى وزیر خود، میرزا شاه ولى را نیز با لقب اعتمادالدوله به وزارت اعظم برگزید.
پس از آن شاه مخلوع - پدر شاه عباس - با ابوطالب میرزا - برادر شاه - و اسماعیل میرزا و حیدر میرزا - پسران خردسال حمزه میرزا - را در نیمه محرم سال 997 ق / 4 دسامبر 1588 م، از قزوین به قلعه
الموت، که شاهزاده طهماسب میرزا - برادر دیگر شاه عباس - نیز در آنجا محبوس بود، فرستاد تا از پایتخت دور باشند و حضور ایشان در قزوین، مایه تحریک سران قزلباش به سرکشى و طغیان و تغییر شاه نشود. سیصد تن از سواران قزلباش را هم مأمور حفاظت ایشان کرد، و این عده در پایان هر ماه عوض مىشدند.
در همان حال به املاک خالص سلطنتى نیز طمع برد، و به موجب فرمانى که از شاه گرفت تمام املاک شاهى
اصفهان را، که پس از مرگ شاه طهماسب به ترتیب به حمزه میرزا و ابوطالب میرزا، منتقل شده بود، تصاحب کرد. سپس براى شاه عباس مجلس عروسى ترتیب داد، و در یکجا دو دختر از خاندان صفوى را به عقد نکاح شاه درآورد. یکى دختر سلطان مصطفى میرزا، برادر زاده شاه طهماسب اول، که پیش از آن همسر برادر بزرگ شاه، حمزه میرزا بود. این دو زن را در یک روز براى شاه عقد بستند و پس از سه شبانه روز جشن و سرور، در یک شب به حرم سراى او بردند!
