دفع فتنه ازبک و آزادى خراسان «916 - 918 ق / 1510 - 1512 م»
خان ازبک که پدرانش دست
تیموریان را از ماوراءالنهر کوتاه کرده و شیبک خان نیز، مقارن 913 ق / 1507 م خراسان را از چنگ اولاد
سلطان حسین بایقرا بیرون آورده بود، از خاندان شیبانیان ماوراءالنهر بودند. محمد خان شاهى بیگ معروف به شیبک خان، در آیین تسنن تعصب بسیار داشت و بعد از غلبه بر خراسان، در مشهد طوس و در هرات هر کس را که به تشیع منسوب بود، به شدت عقوبت مىکرد و یا با خشونت بسیار مىکشت. چون داعیه خلافت داشت و خود را حامىمذهب تسنن هم مىدانست، از غلبه تشیع در ایران ناخرسند بود و به شاه اسماعیل نامه هاى تهدید آمیز آکنده از طعن و دشنام مىنوشت. ازبک شاه ایران را به خاطر داشتن عقاید تشیع به شدت تحقیر مىکرد و به لشکرکشى به ایران تهدید مىنمود. نامه هاى او بیش از حد تحقیر تحقیر آمیز و آکنده از دشنام بود و به شدت غرور شاه جوان را جریحه دار مىساخت. اقدام او به دست اندازى به کرمان سرانجام پادشاه صفوى را به لشکرکشى بر ضد او مصمم کرد.
براى دفع فتنه ازبک، که در خراسان به شدت در آزار شیعیان مىکوشید و در تمام آن خطه در تعقیب شیعه و برانداختن این آیین خشونت را از حد گذرانده بود، شاه اسماعیل لشکر به خراسان برد. مشهد طوس را آزاد کرد و سپاه ازبک را مغلوب و تا حدود مرو دنبال نمود. هرات را هم به تصرف خود درآورد و در نزدیک مرو در برخورد با سپاه شیبک خان، او را به سختى شکست داد. طى این نزاع، نزدیک ده هزار تن ازبک کشته شدند و شیبک خان هم در معرکه نبرد به قتل رسید «916 ق / 1510 م». انتقام فاتح در حق پیکر بى جان شیبک خان که در میدان جنگ یافته شد، هولناک بود و خشک شدید شاه قزلباش را از اهانتهاى زشت او نشان مىداد. جسدش را صوفیان لشکر به اشارت صوفى اعظم و در واقع براى خرسندى خاطر او، تکه تکه کرده و خوردند. از سر بى مغز و مغرور او هم که در آن زر گرفته بودند، یک ساغر زرین براى شاه درست کردند تا با باده نوشى در آن، غرور زخم خورده فاتح را که از دشنامهاى خان ازبک به شدت آزرده شده بود، تشفى دهد. دست بریده او را هم، شاه نزد حاکم مازندران فرستاد تا بدینگونه او را که جاهلانه به خاطر اتکاء بر قدرت ازبک نسب به شاه صفوى، دم از استقلال مىزد، به راه اطاعت درآورد - هر چند او را از بیم و هیبت این منظره به ورطه فنا فرستاد - در فتح مرو، پادشاه صفوى، خواجه ظهیرالدین بابر، فرمانرواى تیمورى هند را که به چنگ ازبک اسیر افتاده بود، با حرمت و عزت شایسته به نزد بابر فرستاد و بدینگونه بین خاندان صفوى و تیموریان هند رابطه درستى برقرار کرد که بعد از وى نیز دست کم براى مدتى همچنان باقى ماند. با آنکه حاصل بلافاصله این دوستى که اتحادى مشترک علیه خانان ازبک بود به پیروزى منجر نشد و حتى امیرالامراى سپاه قزلباش، امیر یار احمد اصفهانى معروف به منجم ثانى، در طى جنگ کشته شد «918 ق / 1512 م»، اما شاه صفوى چندى بعد این شکست را جبران کرد و به زودى بار دیگر مهاجمان ازبک را به ترک خراسان و عقب نشینى به ماوراءالنهر واداشت.